紫外線消毒法具有很多化學法無法替代的優(yōu)點：

在一些產(chǎn)業(yè)中例如水產(chǎn)養(yǎng)殖和食品工業(yè)等，不需要化學消毒劑的持續(xù)性，否則會由于化學藥劑的影響造成水生物死亡、食品中產(chǎn)生嗅味等副作用，況且氯化消毒會形成三鹵甲烷等有害的消毒副產(chǎn)物；

在一些生物技術(shù)例如發(fā)酵中，需要對水進行消毒后接種工藝需要的菌種，這樣持續(xù)性的消毒效果顯然是不需要的；

在循環(huán)水系統(tǒng)中，經(jīng)常使用氯消毒會造成腐蝕問題，例如游泳池，還有在石油開采的地下水回灌中，如果采用化學藥劑消毒，細菌容易產(chǎn)生抗藥性而在土壤中繼續(xù)繁殖從而堵塞地層，形成二次污染；

消毒速度快、效率高、占地面積小；設(shè)備操作簡單，便于運行管理和實現(xiàn)自動化等，近年來用于水處理的紫外線消毒設(shè)備逐漸得到廣泛的應(yīng)用。經(jīng)過紫外線消毒的污水可以在很多領(lǐng)域再利用，以實現(xiàn)污水資源化。將其用于灌溉農(nóng)田、林地和草坪等可避免化學消毒劑對植物的損傷；用于地下水回灌可以防止微生物對化學消毒劑產(chǎn)生適應(yīng)性而再度繁殖造成的地層堵塞。